故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。 动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。
松本梨香 大谷育江 饭冢雅弓 上田祐司 兴梠里美 林原惠美 三木真一郎 犬山犬子 铃置洋孝 白石文子 西村千奈美 秋元羊介 古谷彻 高木涉 玄田哲章 大友龙三郎 小形满 安达忍 冰上恭子 小樱悦子 辻亲八 麻生智久 爱河里花子 小西克幸 芝原智矢子 石冢运升 宇垣秀成 铃木琢磨 陶山章央 佐藤蓝子 小林佐智子 森久保祥太郎 山寺宏一 市村正亲
门胁舞以 名冢佳织 植田佳奈 伊藤静 高野直子 松来未祐 斋藤千和 大原沙耶香 生天目仁美 小清水亚美 杉山纪彰 宫川美保 小山力也 伊濑茉莉也 加藤英美里 伊藤加奈惠 佐藤聪美 伊藤美纪 高桥美佳子
田中真弓 冈村明美 中井和哉 山口胜平 平田广明 大谷育江 山口由里子 矢尾一树 长岛雄一 池田秀一 古川登志夫 古谷彻 大塚周夫 津嘉山正种 草尾毅 大场真人 宝龟克寿 园部启一 柴田秀胜 中博史 阪口大助 竹内顺子 千叶繁 三石琴乃 挂川裕彦 堀秀行 田中秀幸 大友龙三郎 有本钦隆 大塚明夫 玄田哲章 小山茉美 土井美加 野田顺子 渡边美佐 野上尤加奈 林原惠美 水树奈奈 园崎未惠 西原久美子 久川绫 泽城美雪 池泽春菜 斋藤千和 神谷浩史 浪川大辅 森久保祥太郎 石田彰 高木涉 桧山修之 子安武人
浅野真澄 甲斐田 裕子 真堂 圭 生天目仁美 茅原 実里 門脇 舞以 浅川 悠 武田 華 斎藤 千和 日野 聡 阪口周平 田辺留依 巽悠衣子 日笠陽子 たかはし智秋 石川英郎
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