小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。 地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
松本梨香 大谷育江 饭冢雅弓 上田祐司 林原惠美 三木真一郎 犬山犬子 兴梠里美 金井美香 西村千奈美 坂口候一 小西克幸 折笠富美子 江原正士 石冢运升 神田宇野 释由美子 广川太一郎 山寺宏一
水田山葵 大原惠美 和多田美咲 种崎敦美 久野美咲 嘉数由美 木村昴 关智一 铃鹿央士 松本保典 三石琴乃 山路和弘 石井康嗣 伊达干生 藤本美贵 富泽岳史 天月 拜真之介 田岛章宽 井口祐一 久保田光 松井晓波 木村珠莉
田中真弓 冈村明美 中井和哉 山口胜平 平田广明 大谷育江 山口由里子 大塚明夫 草尾毅 青野武 佐藤正治 八奈见乘儿 山本圭子 大本真基子 阪口大助 渡边美佐 安原义人 田中大文 山本圭一郎 平井启二 金子英彦 福原耕平 笹田贵之 三宅淳一 冈本宽志 滨野雅嗣 森岳志 国本武春 永井杏 池松壮亮 绫小路翔