柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
高山南 山崎和佳奈 茶风林 绪方贤一 盐泽兼人 神谷明 林原惠美 岩居由希子 高木涉 大谷育江 松井菜樱子 田中信夫 堀川亮 松冈文雄 石冢运升 宫村优子 大塚周夫 依田英助 大塚芳忠 筱原惠美 宫本充 壤晴彦 中岛聪彦 小山裕通 井上隆之 千叶一伸 布目贞雄 佐藤忍 藤田淑子 山口胜平
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卡罗琳·劳伦斯 汤姆·肯尼 劳伦斯先生 玛丽·乔·卡特利特 克兰西·布朗 比尔·法格巴克 罗德格尔·邦帕斯 迪·布拉雷·贝克尔 Christopher Hagen 瑞欧·亚历山大 Ryan Begay 伊利娅·伊索雷利·保利诺 马修·卡德瑞普 旺达·塞克丝 吉尔·塔利 克雷格·罗宾森 格蕾·德丽斯勒 约翰尼·诺克斯维尔 凯瑞·华格伦 Miles Hall
劳伦斯先生 克兰西·布朗 汤姆·肯尼 迪·布拉雷·贝克尔 比尔·法格巴克 罗里·艾伦 玛丽·乔·卡特利特 凯特·希金斯 罗德格尔·邦帕斯 卡罗琳·劳伦斯 吉尔·塔利 Austin Valli Natalie Kailey Toby Larsen 大卫·尼德姆 Sale Taylor 丽莎·林德 Abbi Ella Gonzales Genesis Clarre